תוכן עניינים
20 יחסים: BWA, EMBOSS, Multiple sequence alignment, NcRNA, SAMtools, Trie, אנליזת ריצוף - Bowtie, אקטין, אלגוריתמים לחיפוש מחרוזות, פורמט FASTQ, קריספר, רצף הסכמה, רצף ייחוס, ריצוף RNA, תכנון דינמי, לוגו רצף, ביואינפורמטיקה, ביופייתון, גנומיקה חישובית, הומולוגיה (ביולוגיה).
BWA
BWA היא תוכנה המשמשת לעימוד רצפים (alignment) כנגד גנום ייחוס גדול, כמו הגנום האנושי.
לִרְאוֹת עימוד רצפים וBWA
EMBOSS
EMBOSS או European Molecular Biology Open Software Suite היא חבילה חינמית לאנליזות וניתוח תוכנה שפותחה לצורכי קהילת המשתמשים בביולוגיה מולקולרית ובביואינפורמטיקה, התוכנה מתמודדת אוטומטית עם נתונים במגוון פורמטים ואף מאפשרת שליפה שקופה של נתוני רצפים מהרשת.
לִרְאוֹת עימוד רצפים וEMBOSS
Multiple sequence alignment
MSA - Multiple sequence alignment הוא עימוד של שלושה או יותר רצפים ביולוגיים, כדוגמת DNA,RNA או חלבון.
לִרְאוֹת עימוד רצפים וMultiple sequence alignment
NcRNA
ncRNA (ראשי תיבות באנגלית של non-coding RNA, בעברית: רנ"א לֹא מְקוֹדָד) היא מולקולת רנ"א שאינה מקודדת לחלבון.
לִרְאוֹת עימוד רצפים וNcRNA
SAMtools
SAMtools היא חבילת תכנה שנכתבה על ידי Heng Li ומאפשרת צפייה וביצוע פעולות ברצפי DNA שהתקבלו מריצוף DNA בפורמטים SAM, BAM ו-CRAN.
לִרְאוֹת עימוד רצפים וSAMtools
Trie
במדעי המחשב, trie, נקרא גם עץ קידומות או עץ דיגיטלי, הוא מבנה נתונים מסוג עץ אשר משמש לאיתור מפתחות מסוימים מתוך אוסף.
לִרְאוֹת עימוד רצפים וTrie
אנליזת ריצוף - Bowtie
Bowtie היא חבילת תוכנה נפוצה עבור עימוד רצפים ואנליזת ריצוף בביולוגיה חישובית.
לִרְאוֹת עימוד רצפים ואנליזת ריצוף - Bowtie
אקטין
המבנה המרחבי של תת-יחידת אקטין (קשורה למולקולת ADP) המבנה המרחבי של סיב אקטין, הבנוי כאן מ-13 תת-יחידות אקטין (באנגלית: Actin) הוא חלבון בעל תפקיד מרכזי בשלד התא.
לִרְאוֹת עימוד רצפים ואקטין
אלגוריתמים לחיפוש מחרוזות
במדעי המחשב, אלגוריתמים לחיפוש מחרוזות , לעיתים נקראים גם אלגוריתמים להתאמת מחרוזות, הם מחלקה חשובה של אלגוריתמים על מחרוזות המנסים למצוא היכן מחרוזת אחת או יותר (נקראות גם תבניות) מופיעות בתוך מחרוזת או טקסט גדולים יותר.
לִרְאוֹת עימוד רצפים ואלגוריתמים לחיפוש מחרוזות
פורמט FASTQ
פורמט FASTQ הוא פורמט בביואינפורמטיקה מבוסס טקסט אשר אוצר בתוכו לא רק את הרצף הביולוגי (כפי שעושה פורמט FASTA), אלא גם את ציון האיכות שלו כפי שנקלט במכשיר הריצוף.
לִרְאוֹת עימוד רצפים ופורמט FASTQ
קריספר
תיאור אפשרי של מנגנון CRISPR קריספר (באנגלית: CRISPR, ראשי תיבות של Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) הוא אזור ב-DNA של חיידקים וארכאות רבים, והוא חלק ממנגנון הגנה מפני נגיפים.
לִרְאוֹת עימוד רצפים וקריספר
רצף הסכמה
דוגמה ללוגו רצף שהיא שיטת לייצג בצורה חזותית רצף קונצנזוס. לוגו זה המייצג את תפוצת הנוקלאוטידים בסביבות קודון ההתחלה ברצפי mRNA אנושיים בביולוגיה מולקולרית ובביואינפורמטיקה, רצף קונצנזוס (באנגלית: consensus sequence) או רצף הסכמה מתייחס לנוקלאוטידים או לחומצות האמינו הנפוצים ביותר במקום מסוים במספר רצפים לאחר עימוד רצפים, תהליך שבו משווים מספר רצפים זה ביחס לזה.
לִרְאוֹת עימוד רצפים ורצף הסכמה
רצף ייחוס
ההדפסה הראשונה של רצף הייחוס האנושי מוצג כסדרת ספרים המוצגים באוסף ולקם, לונדון. סידרה זו מכילה מעל מאה כרכים באורך של אלפי עמודים, ובתוכם כ-3.4 מיליארד נוקליאוטידים, בגודל כתב קטן מאוד שכמעט בלתי ניתן לקריאה בעין בלתי מזוינת.
לִרְאוֹת עימוד רצפים ורצף ייחוס
ריצוף RNA
מחבר.
לִרְאוֹת עימוד רצפים וריצוף RNA
תכנון דינמי
במדעי המחשב, שיטת התכנון הדינמי לבניית אלגוריתם, שהוצגה לראשונה בשנת 1953 על ידי ריצ'רד בלמן, היא שיטה לפתרון בעיות בעלות תת-מבנה מיטבי שאי אפשר לפתור אותן באופן יעיל בשיטת הפרד ומשול הנאיבית.
לִרְאוֹת עימוד רצפים ותכנון דינמי
לוגו רצף
לוגו רצף המציג הבסיסים השמורים ביותר סביב קודון ההתחלה מכל ה-mRNA האנושי (רצף הקונצנזוס של קוזאק). לציין כי הקודון לא מצויר בקנה מידה, אחרת האותיות AUG היו כל אחת בגובה 2 ביטים.
לִרְאוֹת עימוד רצפים ולוגו רצף
ביואינפורמטיקה
מפת כרומוזום X אנושי (מתוך אתר NCBI). מיפוי גנום האדם הוא אחד מהישגי הביואינפורמטיקה. ביואינפורמטיקה (באנגלית: Bioinformatics), (ביולוגיה חישובית) עוסקת בחקר המידע הביולוגי באמצעות מחשב.
לִרְאוֹת עימוד רצפים וביואינפורמטיקה
ביופייתון
פרויקט ביופייתון (באנגלית: Biopython) הוא אוסף של כלי פייתון לא מסחריים בקוד פתוח לביולוגיה חישובית וביואינפורמטיקה, שנוצר על ידי איגוד בינלאומי של מפתחים.
לִרְאוֹת עימוד רצפים וביופייתון
גנומיקה חישובית
גנומיקה חישובית (לעיתים נקראת גנטיקה חישובית) היא שימוש בניתוחים סטטיסטיים וחישוביים על מנת להסיק מסקנות ביולוגיות מהרצף הגנומי וממידע רלוונטי נוסף, הכולל רצפי דנ"א ורנ"א יחד עם מידע "פוסט-גנומי" (מידע ניסויי שהושג על ידי טכנולוגיות הדורשות ריצוף של הגנום, לדוגמה מערך דנ"א גנומי).
לִרְאוֹת עימוד רצפים וגנומיקה חישובית
הומולוגיה (ביולוגיה)
כלב, וזרוע אדם, מסומנות בצבעים זהים. חום בהיר: עצם הזרוע; לבן: עצם החישור; אדום: עצם הגומד; צהוב: עצמות שורש כף היד; חום כהה: עצמות האצבעות. הומולוגיה (או איבר הומולוגי) היא דמיון של שני איברים ביצורים שאינם שייכים לאותו המין.
לִרְאוֹת עימוד רצפים והומולוגיה (ביולוגיה)